高通量测序技术在选择性剪接研究中的应用
出版时间:
2018-01
版次:
1
ISBN:
9787109235182
定价:
45.00
装帧:
平装
开本:
16开
纸张:
胶版纸
页数:
159页
字数:
210千字
正文语种:
简体中文
2人买过
-
《高通量测序技术在选择性剪接研究中的应用》结合生物信息学课题组多年从事选择性剪接的研究成果，系统阐述了高通量技术在选择性剪接领域的应用与新进展，重点讲述了分析高通量数据的软件，包括通用软件BioID Mapper、选择性剪接分析识别软件Splicing Types Anno和nagnag、可视化软件prettycloud和pairheatmap。在此基础上，进一步探讨了通过基因芯片和高通量测序分析挖掘选择性剪接的方法和流程，探索性地研究了与编码区相关的NAGNAG选择性剪接、非编码区相关的未知转录本和长链非编码RNA及相关的调控网络。最后介绍了反向剪接产生环形RNA的新研究成果。
《高通量测序技术在选择性剪接研究中的应用》以R语言作为主要分析工具，内容新颖，叙述深入浅出，适用于生物学和生物信息学及其相关专业的研究者阅读参考。 前言
第1章 BioIDMapper：生物大分子编码转换系统
1．1 生物大分子编码转换
1．2 BioIDMapper下载资源
1．3 系统要求
1．4 软件构架
1．5 功能简介
1．6 图形用户界面
1．7 实例
1．8 项目分析
1．9 用户使用统计
1．10 结论
第2章 SplicingTypesAnno：选择性剪接识别软件
2．1 选择性剪接软件
2．2 SplicingTypesAnno下载资源
2．3 系统安装
2．4 主要剪接类型
2．5 单个基因分析和全转录组分析
2．6 输入输出格式
2．7 功能描述
2．8 项目分析
2．9 总结报告
2．10 用户使用统计
2．11 结论
第3章 nagnag：NAGNAG选择性剪接识别及定量软件
3．1 NAGNAG选择性剪接进展
3．2 nagnag下载资源
3．3 输入输出格式
3．4 功能描述
3．5 项目分析
3．6 用户使用统计
3．7 结论
第4章 prettycloud：文本数据的可视化工具
4．1 文本数据的可视化
4．2 prettycloud下载资源
4．3 安装
4．4 prettycloud算法
4．5 相关参数
4．6 实例
4．7 用户使用统计
4．8 结论
第5章 pairheatmap：高通量数据可视化工具
5．1 热图
5．2 pairheatmap下载资源
5．3 相关参数
5．4 高通量测序数据分析
5．5 用户使用统计
5．6 结论
第6章 基因芯片分析挖掘表达差异基因
6．1 基因芯片技术
6．2 数据分析流程
6．3 项目分析
6．4 结论
第7章 高通量测序RNA-seq数据分析挖掘
7．1 高通量测序
7．2 高通量测序分析流程
7．3 高通量转录组测序研究领域
第8章 NAGNAG选择性剪接研究
8．1 NAGNAG选择性剪接
8．2 研究方法
8．3 结果分析
8．4 结论
第9章 转录非编码区的识别和分析挖掘
9．1 转录非编码区研究进展
9．2 材料与方法
9．3 结果与分析
9．4 结论
第10章 长链非编码RNA的识别和定量
10．1 长链非编码RNA
10．2 研究方法
10．3 项目分析
10．4 结论
第11章 基因调控网络构建及分析
11．1 基因调控网络
11．2 材料与方法
11．3 结果
11．4 基因调控网络可视化
11．5 结论
第12章 环形RNA的识别和定量
12．1 国内外研究现状及分析
12．2 研究方法
12．3 分析流程
12．4 项目分析
12．5 结论
主要参考文献
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内容简介:
《高通量测序技术在选择性剪接研究中的应用》结合生物信息学课题组多年从事选择性剪接的研究成果，系统阐述了高通量技术在选择性剪接领域的应用与新进展，重点讲述了分析高通量数据的软件，包括通用软件BioID Mapper、选择性剪接分析识别软件Splicing Types Anno和nagnag、可视化软件prettycloud和pairheatmap。在此基础上，进一步探讨了通过基因芯片和高通量测序分析挖掘选择性剪接的方法和流程，探索性地研究了与编码区相关的NAGNAG选择性剪接、非编码区相关的未知转录本和长链非编码RNA及相关的调控网络。最后介绍了反向剪接产生环形RNA的新研究成果。
《高通量测序技术在选择性剪接研究中的应用》以R语言作为主要分析工具，内容新颖，叙述深入浅出，适用于生物学和生物信息学及其相关专业的研究者阅读参考。
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目录:
前言
第1章 BioIDMapper：生物大分子编码转换系统
1．1 生物大分子编码转换
1．2 BioIDMapper下载资源
1．3 系统要求
1．4 软件构架
1．5 功能简介
1．6 图形用户界面
1．7 实例
1．8 项目分析
1．9 用户使用统计
1．10 结论
第2章 SplicingTypesAnno：选择性剪接识别软件
2．1 选择性剪接软件
2．2 SplicingTypesAnno下载资源
2．3 系统安装
2．4 主要剪接类型
2．5 单个基因分析和全转录组分析
2．6 输入输出格式
2．7 功能描述
2．8 项目分析
2．9 总结报告
2．10 用户使用统计
2．11 结论
第3章 nagnag：NAGNAG选择性剪接识别及定量软件
3．1 NAGNAG选择性剪接进展
3．2 nagnag下载资源
3．3 输入输出格式
3．4 功能描述
3．5 项目分析
3．6 用户使用统计
3．7 结论
第4章 prettycloud：文本数据的可视化工具
4．1 文本数据的可视化
4．2 prettycloud下载资源
4．3 安装
4．4 prettycloud算法
4．5 相关参数
4．6 实例
4．7 用户使用统计
4．8 结论
第5章 pairheatmap：高通量数据可视化工具
5．1 热图
5．2 pairheatmap下载资源
5．3 相关参数
5．4 高通量测序数据分析
5．5 用户使用统计
5．6 结论
第6章 基因芯片分析挖掘表达差异基因
6．1 基因芯片技术
6．2 数据分析流程
6．3 项目分析
6．4 结论
第7章 高通量测序RNA-seq数据分析挖掘
7．1 高通量测序
7．2 高通量测序分析流程
7．3 高通量转录组测序研究领域
第8章 NAGNAG选择性剪接研究
8．1 NAGNAG选择性剪接
8．2 研究方法
8．3 结果分析
8．4 结论
第9章 转录非编码区的识别和分析挖掘
9．1 转录非编码区研究进展
9．2 材料与方法
9．3 结果与分析
9．4 结论
第10章 长链非编码RNA的识别和定量
10．1 长链非编码RNA
10．2 研究方法
10．3 项目分析
10．4 结论
第11章 基因调控网络构建及分析
11．1 基因调控网络
11．2 材料与方法
11．3 结果
11．4 基因调控网络可视化
11．5 结论
第12章 环形RNA的识别和定量
12．1 国内外研究现状及分析
12．2 研究方法
12．3 分析流程
12．4 项目分析
12．5 结论
主要参考文献
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