计算生物学导论：图谱、序列和基因组

计算生物学导论：图谱、序列和基因组

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作者: [美] M.S.Waterman 著 , 黄国泰译 , 王天明译

出版社: 科学出版社

出版时间: 2009-08

版次: 1

ISBN: 9787030251565

定价: 68.00

装帧: 平装

开本: 16开

纸张: 胶版纸

页数: 356页

字数: 449千字

正文语种: 简体中文

丛书: 生物数学丛书5

分类: 自然科学

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　　《计算生物学导论：图谱、序列和基因组》是IntroductiontoComputationalBiology的中文译著，《计算生物学导论：图谱、序列和基因组》的意图是针对有数学技能的人介绍令人着迷的生物数据和问题，并建立更实际的生物数学的基础。《计算生物学导论：图谱、序列和基因组》共分15章，其中第1章介绍分子生物学的基本常识，第2-4章介绍限制图谱和多重图谱，第5、6章研究克隆和克隆图谱，第7章讨论DNA序列相关的话题，第8-11章是共同模式下序列比较问题，第12章涉及序列中模式计数的统计问题，第13章叙述RNA二级结构的数学化论述，第14章给出有关序列的进化历史，最后第15章给出某些关键文献的原始出处.《计算生物学导论：图谱、序列和基因组》结构完整，内容更新、更全面。
　　《计算生物学导论：图谱、序列和基因组》适合高等院校数学和生物专业的高年级大学生、研究生和教师阅读参考，也适合科研单位的研究人员参考。《生物数学丛书》序
前言
数学符号
第0章引言
0.1分子生物学
0.2数学，统计和计算机科学

第1章分子生物学一些知识
1.1DNA和蛋白
1.1.1双螺旋结构
1.2中心定理
1.3遗传密码
1.4转化RNA和蛋白序列
1.5基因不简单
1.5.1开始与停止
1.5.2基因表达的控制
1.5.3割裂基因
1.5.4跳跃基因
1.6生物化学
问题

第2章限制图谱
2.1引言
2.2图
2.3区间图
2.4片段大小的度量
问题

第3章多重图谱
3.1双消化问题
3.1.1双消化问题的多重解
3.2多重解分类
3.2.1反射性
3.2.2重叠等价
3.2.3重叠尺寸等价
3.2.4更多的图论知识
3.2.5从一条路到另一条路
3.2.6限制图谱及边界块图
3.2.7限制图谱的盒变换
3.2.8一个例子
问题

第4章求解DDP的算法
4.1算法和复杂性
4.2DDP是NP完全的
4.3解DDP的方法
4.3.1整数规划
4.3.2划分问题
4.3.3TSP
4.4模拟退火法：TSP和DDP
4.4.1模拟退火法
4.4.2TSP
4.4.3DDP
4.4.4环状图谱
4.5用真实数据作图
4.5.1使数据符合图
4.5.2图谱算法
问题

第5章克隆与克隆文库
5.1有限的随机克隆数
5.2完全消化的文库
5.3部分消化的文库
5.3.1可克隆基的组分
5.3.2采样、方法
5.3.3设计部分消化文库
5.3.4Poisson近似
5.3.5获得所有片段
5.3.6最大表达度
5.4每个微生物中的基因组
问题

第6章物理基因组图谱：海洋、岛屿和锚
6.1用指纹制作图谱
6.1.1海洋和岛屿
6.1.2分小与控制
6.1.3两个先驱实验
6.1.4啤酒酵母
6.1.5大肠杆菌
6.1.6计算指纹模式
6.2用锚制作图谱
6.2.1海洋、岛和锚
6.2.2克隆与锚的对偶性
6.3克隆重叠的概述
6.4综合
问题

第7章序列装配
7.1鸟枪测序法
7.1.1SSP是NP完全的
7.1.2贪婪算法的解至多是4倍最优解
7.1.3实践中的装配
7.1.4序列精度
7.1.5预期的进展
7.2用杂交法测序
7.2.1其他SBH设计
7.3重访鸟枪测序法
问题

第8章数据库和快速序列装配
8.1DNA和蛋白序列数据库
8.1.1序列数据库文件中条款的描述
8.1.2简单序列数据文件
8.1.3统计小结
8.2序列的树表现
8.3序列的切细
8.3.1切细表
8.3.2用线性时间切细
8.3.3切细和链接
8.4序列中的重复
8.5用切细进行序列比较
8.6至多有f个失配的序列比较
8.7用统计量进行序列比较
问题

第9章动态规划、两个序列比对
9.1比对的个数
9.2网络中最短和最长路
9.3全局距离比对
9.3.1插入删除函数
9.3.2依赖距离的权重
9.4全局相似比对
9.5将一个序列吻合另一个序列
9.6局部比对和丛
9.6.1自身比较
9.6.2衔接重复
9.7线性空间算法
9.8回溯
9.9倒位
9.10图谱比对
9.11参数序列比较
9.11.1一维参数集合
9.11.2进入二维
问题

第10章多重序列比对
10.1囊性纤维化基因
10.2r维的动态规划
10.2.1减小容积
10.3加权平均序列
10.3.1比对的比对
10.3.2序列的重心
10.4轮廓分析
10.4.1统计意义
10.5通过隐Markov模型比对
……
第11章序列比对用到的概率和统计
第12章有关序列模式的概率与统计
第13章RNA二级结构
第14章树和序列
第15章来源与展望
参考文献
附录问题解答和提示
索引
内容简介:
　　《计算生物学导论：图谱、序列和基因组》是IntroductiontoComputationalBiology的中文译著，《计算生物学导论：图谱、序列和基因组》的意图是针对有数学技能的人介绍令人着迷的生物数据和问题，并建立更实际的生物数学的基础。《计算生物学导论：图谱、序列和基因组》共分15章，其中第1章介绍分子生物学的基本常识，第2-4章介绍限制图谱和多重图谱，第5、6章研究克隆和克隆图谱，第7章讨论DNA序列相关的话题，第8-11章是共同模式下序列比较问题，第12章涉及序列中模式计数的统计问题，第13章叙述RNA二级结构的数学化论述，第14章给出有关序列的进化历史，最后第15章给出某些关键文献的原始出处.《计算生物学导论：图谱、序列和基因组》结构完整，内容更新、更全面。
　　《计算生物学导论：图谱、序列和基因组》适合高等院校数学和生物专业的高年级大学生、研究生和教师阅读参考，也适合科研单位的研究人员参考。
目录:
《生物数学丛书》序
前言
数学符号
第0章引言
0.1分子生物学
0.2数学，统计和计算机科学

第1章分子生物学一些知识
1.1DNA和蛋白
1.1.1双螺旋结构
1.2中心定理
1.3遗传密码
1.4转化RNA和蛋白序列
1.5基因不简单
1.5.1开始与停止
1.5.2基因表达的控制
1.5.3割裂基因
1.5.4跳跃基因
1.6生物化学
问题

第2章限制图谱
2.1引言
2.2图
2.3区间图
2.4片段大小的度量
问题

第3章多重图谱
3.1双消化问题
3.1.1双消化问题的多重解
3.2多重解分类
3.2.1反射性
3.2.2重叠等价
3.2.3重叠尺寸等价
3.2.4更多的图论知识
3.2.5从一条路到另一条路
3.2.6限制图谱及边界块图
3.2.7限制图谱的盒变换
3.2.8一个例子
问题

第4章求解DDP的算法
4.1算法和复杂性
4.2DDP是NP完全的
4.3解DDP的方法
4.3.1整数规划
4.3.2划分问题
4.3.3TSP
4.4模拟退火法：TSP和DDP
4.4.1模拟退火法
4.4.2TSP
4.4.3DDP
4.4.4环状图谱
4.5用真实数据作图
4.5.1使数据符合图
4.5.2图谱算法
问题

第5章克隆与克隆文库
5.1有限的随机克隆数
5.2完全消化的文库
5.3部分消化的文库
5.3.1可克隆基的组分
5.3.2采样、方法
5.3.3设计部分消化文库
5.3.4Poisson近似
5.3.5获得所有片段
5.3.6最大表达度
5.4每个微生物中的基因组
问题

第6章物理基因组图谱：海洋、岛屿和锚
6.1用指纹制作图谱
6.1.1海洋和岛屿
6.1.2分小与控制
6.1.3两个先驱实验
6.1.4啤酒酵母
6.1.5大肠杆菌
6.1.6计算指纹模式
6.2用锚制作图谱
6.2.1海洋、岛和锚
6.2.2克隆与锚的对偶性
6.3克隆重叠的概述
6.4综合
问题

第7章序列装配
7.1鸟枪测序法
7.1.1SSP是NP完全的
7.1.2贪婪算法的解至多是4倍最优解
7.1.3实践中的装配
7.1.4序列精度
7.1.5预期的进展
7.2用杂交法测序
7.2.1其他SBH设计
7.3重访鸟枪测序法
问题

第8章数据库和快速序列装配
8.1DNA和蛋白序列数据库
8.1.1序列数据库文件中条款的描述
8.1.2简单序列数据文件
8.1.3统计小结
8.2序列的树表现
8.3序列的切细
8.3.1切细表
8.3.2用线性时间切细
8.3.3切细和链接
8.4序列中的重复
8.5用切细进行序列比较
8.6至多有f个失配的序列比较
8.7用统计量进行序列比较
问题

第9章动态规划、两个序列比对
9.1比对的个数
9.2网络中最短和最长路
9.3全局距离比对
9.3.1插入删除函数
9.3.2依赖距离的权重
9.4全局相似比对
9.5将一个序列吻合另一个序列
9.6局部比对和丛
9.6.1自身比较
9.6.2衔接重复
9.7线性空间算法
9.8回溯
9.9倒位
9.10图谱比对
9.11参数序列比较
9.11.1一维参数集合
9.11.2进入二维
问题

第10章多重序列比对
10.1囊性纤维化基因
10.2r维的动态规划
10.2.1减小容积
10.3加权平均序列
10.3.1比对的比对
10.3.2序列的重心
10.4轮廓分析
10.4.1统计意义
10.5通过隐Markov模型比对
……
第11章序列比对用到的概率和统计
第12章有关序列模式的概率与统计
第13章RNA二级结构
第14章树和序列
第15章来源与展望
参考文献
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