生物信息学数据分析丛书：DNA和蛋白质序列数据分析工具（第三版）
出版时间:
2012-06
版次:
3
ISBN:
9787030345097
定价:
128.00
装帧:
平装
开本:
16开
纸张:
胶版纸
页数:
356页
字数:
452千字
正文语种:
简体中文
-
近年来新一代测序技术的研发和应用，极大地推动了基因组科学的发展，也给基因组数据分析带来巨大的新挑战。《生物信息学数据分析丛书：DNA和蛋白质序列数据分析工具（第三版）》书17章，分别从基因组学、蛋白质组学、系统生物学三个层次详细介绍了常用的基因数据库和网络工具；为适应Windows7的环境，将BioPerl程序包的数据分析做了重排使其更易操作。尤其是增添了新一代测序数据分析实例，包括SNVs和Indel识别、小RNA-seq分析、枯草杆菌全基因组序列拼接：并对Bowtie等读序列定位工具和UCSC浏览器的使用做介绍。
《生物信息学数据分析丛书：DNA和蛋白质序列数据分析工具（第三版）》内容深入浅出、图文并茂。书中提及的各种方法均有充实的例证并附上相关数据和图表，供读者理解和参考；书后还附有中英文的专业术语和词汇。可作为对基因组学、蛋白质组学、生物信息学感兴趣的本科生、研究生和研究人员学习、研究的重要工具手册。 第三版前言
第二版前言
第一版前言
第1章序列比对工具BLAST和ClustalX
1.1BLAST搜索程序
1.2本地运行BLAST（Windows系统）
1.3多序列比对（ClustalX）
参考文献
第2章真核生物基因结构的预测
2.1基因可读框的识别
2.2CpG岛、转录终止信号和启动子区域的预测
2.3基因密码子偏好性计算：CodonW的使用
2.4采用mRNA序列预测基因：Spidey的使用
2.5ASTD数据库简介
参考文献
第3章电子克隆
3.1种子序列的搜索
3.2序列拼接
3.3在水稻数据库中的电子延伸
3.4电子克隆有关事项的讨论
参考文献
第4章分子进化遗传分析工具（MEGA5）
4.1序列数据的获取和比对
4.2进化距离的估计
4.3分子钟假说的检验
4.4系统进化树构建
参考文献
第5章蛋白质结构与功能预测
5.1蛋白质信息数据库
5.2蛋白质一级结构分析
5.3蛋白质二级结构预测
5.4蛋白质家族和结构域
5.5蛋白质三级结构预测
5.6蛋白质结构可视化工具
参考文献
第6章序列模体的识别和解析
6.1MEME程序包
6.2通过MEME识别DNA或蛋白质序列中模体
6.3通过MAST搜索序列中的已知模体
6.4通过GLAM2识别有空位的模体
6.5通过GLAM2SCAN搜索序列中的已知模体
6.6应用TOMTOM与数据库中的已知模体进行比对
6.7应用GOMO鉴定模体的功能
6.8应用MCAST搜索基因表达调控模块
6.9应用MEME-ChIP发现DNA序列模体
6.10应用SPAMO推测转录因子的结合位点
6.11应用DREME发现短的正则表达模体
6.12应用FIMO寻找数据库已知的模体
6.13应用CentiMo寻找主要的富集模体
参考文献
第7章蛋白质谱数据分析
7.1生物质谱技术的基本原理
7.2X！Tandem软件
7.3Mascot软件
7.4Sequest软件
7.5蛋白质组学数据统计分析TPP软件
参考文献
第8章基因芯片数据处理和分析
8.1芯片数据的获取和处理
8.2芯片数据聚类分析和差异表达基因筛选
8.3GenMAPP芯片数据的可视化
8.4通过GEO检索和提交芯片数据
8.5应用DAVID工具对芯片数据功能注释和分类
参考文献
第9章GO基因本体和KEGG代谢途径分析
9.1GeneOntology数据库
9.2KEGG数据库
参考文献
第10章系统生物学网络结构分析
10.1Cytoscape软件简介
10.2Cytoscape软件安装
10.3Cytoscape基本操作
10.4应用BINGO插件进行基因注释
10.5应用BioQuali插件进行基因表达分析
10.6应用AgilentLiteratureSearch插件进行文献搜索
10.7链接BOND数据库做网络分析
10.8应用插件Cytoprophet预测潜在蛋白和结构域的相互作用
参考文献
第11章Bioperl模块数据分析及其安装-
11.1概述
11.2Bioperl重要模块简介和脚本实例
11.3Bioperl安装
参考文献
第12章读序列（reads）定位软件Bowtie
12.1Bowtie特性
12.2Burrows-Wheeler（BW）转换程序
12.3不要求精确的比对搜索
12.4回溯过量表达
12.5阶段搜索
12.6Bowtie的输出格式
参考文献
第13章UCSC基因组浏览器
13.1基因分类器（Genesorter）工具
13.2基因组浏览器（GenomeBrowser）
13.3蛋白质组浏览器（ProteomeBrowser）
13.4表浏览器（TableBrowser）
参考文献
第14章SNVs和Indel识别分析方法及工具
14.1Bowtie工具
14.2samtools软件包
14.3识别单核苷酸多态性（SNP）
14.4寻找同义突变和非同义突变
14.5发现读框内插入缺失（in-frameindel）
14.6发现其他类型的突变
参考文献
第15章小RNA高通量测序数据分析
15.1数据分析流程
15.2Rfam数据库
15.3miRBase数据库
15.4应用mfold预测RNA二级结构
15.5应用miRAlign搜索miRNA
15.6应用TargetScan预测miRNA的靶基因
参考文献
第16章RNA测序（RNA-Seq）分析
16.1TopHat的分析流程
16.2转录组读序列比对
16.3获得基因表达谱及转录物表达谱
16.4差异表达基因鉴定及注释
16.5SNPs／SNVs及InDels鉴定与注释
16.6选择性剪切（alternativesplicing）鉴定
16.7TopHat应用实例
参考文献
第17章全基因组序列拼接的流程和方法
17.1实例数据的获取
17.2短读序列数据作图到参考基因组
17.3将短读序列数据从头拼接成染色体骨架
17.4大规模染色体骨架拼接
17.5草图和实验物理图谱间的比较
参考文献
英汉对照词汇
英文索引
中文索引
彩图
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内容简介:
近年来新一代测序技术的研发和应用，极大地推动了基因组科学的发展，也给基因组数据分析带来巨大的新挑战。《生物信息学数据分析丛书：DNA和蛋白质序列数据分析工具（第三版）》书17章，分别从基因组学、蛋白质组学、系统生物学三个层次详细介绍了常用的基因数据库和网络工具；为适应Windows7的环境，将BioPerl程序包的数据分析做了重排使其更易操作。尤其是增添了新一代测序数据分析实例，包括SNVs和Indel识别、小RNA-seq分析、枯草杆菌全基因组序列拼接：并对Bowtie等读序列定位工具和UCSC浏览器的使用做介绍。
《生物信息学数据分析丛书：DNA和蛋白质序列数据分析工具（第三版）》内容深入浅出、图文并茂。书中提及的各种方法均有充实的例证并附上相关数据和图表，供读者理解和参考；书后还附有中英文的专业术语和词汇。可作为对基因组学、蛋白质组学、生物信息学感兴趣的本科生、研究生和研究人员学习、研究的重要工具手册。
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目录:
第三版前言
第二版前言
第一版前言
第1章序列比对工具BLAST和ClustalX
1.1BLAST搜索程序
1.2本地运行BLAST（Windows系统）
1.3多序列比对（ClustalX）
参考文献
第2章真核生物基因结构的预测
2.1基因可读框的识别
2.2CpG岛、转录终止信号和启动子区域的预测
2.3基因密码子偏好性计算：CodonW的使用
2.4采用mRNA序列预测基因：Spidey的使用
2.5ASTD数据库简介
参考文献
第3章电子克隆
3.1种子序列的搜索
3.2序列拼接
3.3在水稻数据库中的电子延伸
3.4电子克隆有关事项的讨论
参考文献
第4章分子进化遗传分析工具（MEGA5）
4.1序列数据的获取和比对
4.2进化距离的估计
4.3分子钟假说的检验
4.4系统进化树构建
参考文献
第5章蛋白质结构与功能预测
5.1蛋白质信息数据库
5.2蛋白质一级结构分析
5.3蛋白质二级结构预测
5.4蛋白质家族和结构域
5.5蛋白质三级结构预测
5.6蛋白质结构可视化工具
参考文献
第6章序列模体的识别和解析
6.1MEME程序包
6.2通过MEME识别DNA或蛋白质序列中模体
6.3通过MAST搜索序列中的已知模体
6.4通过GLAM2识别有空位的模体
6.5通过GLAM2SCAN搜索序列中的已知模体
6.6应用TOMTOM与数据库中的已知模体进行比对
6.7应用GOMO鉴定模体的功能
6.8应用MCAST搜索基因表达调控模块
6.9应用MEME-ChIP发现DNA序列模体
6.10应用SPAMO推测转录因子的结合位点
6.11应用DREME发现短的正则表达模体
6.12应用FIMO寻找数据库已知的模体
6.13应用CentiMo寻找主要的富集模体
参考文献
第7章蛋白质谱数据分析
7.1生物质谱技术的基本原理
7.2X！Tandem软件
7.3Mascot软件
7.4Sequest软件
7.5蛋白质组学数据统计分析TPP软件
参考文献
第8章基因芯片数据处理和分析
8.1芯片数据的获取和处理
8.2芯片数据聚类分析和差异表达基因筛选
8.3GenMAPP芯片数据的可视化
8.4通过GEO检索和提交芯片数据
8.5应用DAVID工具对芯片数据功能注释和分类
参考文献
第9章GO基因本体和KEGG代谢途径分析
9.1GeneOntology数据库
9.2KEGG数据库
参考文献
第10章系统生物学网络结构分析
10.1Cytoscape软件简介
10.2Cytoscape软件安装
10.3Cytoscape基本操作
10.4应用BINGO插件进行基因注释
10.5应用BioQuali插件进行基因表达分析
10.6应用AgilentLiteratureSearch插件进行文献搜索
10.7链接BOND数据库做网络分析
10.8应用插件Cytoprophet预测潜在蛋白和结构域的相互作用
参考文献
第11章Bioperl模块数据分析及其安装-
11.1概述
11.2Bioperl重要模块简介和脚本实例
11.3Bioperl安装
参考文献
第12章读序列（reads）定位软件Bowtie
12.1Bowtie特性
12.2Burrows-Wheeler（BW）转换程序
12.3不要求精确的比对搜索
12.4回溯过量表达
12.5阶段搜索
12.6Bowtie的输出格式
参考文献
第13章UCSC基因组浏览器
13.1基因分类器（Genesorter）工具
13.2基因组浏览器（GenomeBrowser）
13.3蛋白质组浏览器（ProteomeBrowser）
13.4表浏览器（TableBrowser）
参考文献
第14章SNVs和Indel识别分析方法及工具
14.1Bowtie工具
14.2samtools软件包
14.3识别单核苷酸多态性（SNP）
14.4寻找同义突变和非同义突变
14.5发现读框内插入缺失（in-frameindel）
14.6发现其他类型的突变
参考文献
第15章小RNA高通量测序数据分析
15.1数据分析流程
15.2Rfam数据库
15.3miRBase数据库
15.4应用mfold预测RNA二级结构
15.5应用miRAlign搜索miRNA
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第16章RNA测序（RNA-Seq）分析
16.1TopHat的分析流程
16.2转录组读序列比对
16.3获得基因表达谱及转录物表达谱
16.4差异表达基因鉴定及注释
16.5SNPs／SNVs及InDels鉴定与注释
16.6选择性剪切（alternativesplicing）鉴定
16.7TopHat应用实例
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第17章全基因组序列拼接的流程和方法
17.1实例数据的获取
17.2短读序列数据作图到参考基因组
17.3将短读序列数据从头拼接成染色体骨架
17.4大规模染色体骨架拼接
17.5草图和实验物理图谱间的比较
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