计算机辅助药物设计理论及应用

计算机辅助药物设计理论及应用

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作者: 胡建平著

出版社: 科学出版社

出版时间: 2019-04

版次: 1

ISBN: 9787030585301

定价: 98.00

装帧: 平装

开本: 16开

页数: 362页

字数: 570千字

正文语种: 简体中文

分类: 计算机与互联网

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计算机辅助药物设计以化学和生物理论为基础，通过分子模拟、预测药物与靶点之间的分子识别，设计和优化先导化合物，在新药研发中发挥着不可或缺的作用。《计算机辅助药物设计理论及应用》针对学生在计算机辅助药物设计学习过程中可能遇到的各种问题，介绍了数据库、定量构效关系、药效团、分子对接、虚拟筛选、同源模建、分子动力学模拟、自由能计算理论以及药物设计过程中常用软件和数值计算方法。《计算机辅助药物设计理论及应用》覆盖全面，简单实用，加入了大量应用实例，穿插操作方法和技巧；每个章节自成体系，从易到难，层次分明。目录
第一章绪论（1）
第一节新药开发的基本途径和方法（1）
第二节计算机辅助药物设计的常用研究方法（10）
第三节计算机辅助药物设计的常用软件（14）
第四节近年来CADD在药物设计中的应用实例（19）
参考文献（21）
第二章计算机辅助药物设计的相关基础（23）
第一节计算机辅助药物设计的生命科学基础（23）
第二节计算机辅助药物设计的药学基础（40）
第三节计算机辅助药物设计的Linux基础（48）
参考文献（62）
第三章常用数据库和基础软件的使用（64）
第一节药物设计常用数据库（64）
第二节药物和靶点的三维结构显示及绘制软件（79）
第三节 EndNote文献管理（85）
参考文献（91）
第四章基于配体的药物分子设计（92）
第一节定量构效关系（QSAR）（92）
第二节药效团模型（119）
参考文献（125）
第五章基于受体的药物分子设计（129）
第一节分子对接的原理和分类（129）
第二节分子对接的搜索算法（130）
第三节分子对接的打分函数（134）
第四节分子对接的操作流程（138）
第五节分子对接实例（144）
第六节虚拟筛选实例（147）
参考文献（153）
第六章蛋白质结构预测及全新药物设计（158）
第一节同源建模（158）
第二节同源模建实例（171）
第三节蛋白质结合位点预测（178）
第四节全新药物设计方法（182）
参考文献（186）
第七章分子动力学模拟（190）
第一节分子动力学模拟的原理（190）
第二节恒温恒压分子动力学模拟与溶剂模型（196）
第三节分子动力学模拟的主要步骤（201）
第四节分子动力学模拟应用实例（210）
参考文献（231）
第八章结合自由能的计算（234）
第一节生物大分子体系结合自由能研究的背景及意义（234）
第二节结合自由能计算方法（238）
第三节基于MM/PBSA自由能算法的操作实例（241）
第四节自由能计算实例（247）
参考文献（258）
第九章药物靶点的构象分析（260）
第一节药物靶点基础（260）
第二节粗粒化模型（262）
第三节自由能曲面（275）
第四节聚类分析（279）
第五节自由能曲面和聚类分析实例（282）
第六节 ProDy使用（286）
参考文献（291）
第十章药物设计常用的数值分析（295）
第一节相关和回归分析（295）
第二节 ROC曲线（305）
第三节基于贝叶斯分类的类药性预测（313）
第四节 Matlab在药物设计中的应用（322）
参考文献（337）
附录常用Linux计算软件的安装（339）
中英文对照索引（347）
附图（363）
内容简介:
计算机辅助药物设计以化学和生物理论为基础，通过分子模拟、预测药物与靶点之间的分子识别，设计和优化先导化合物，在新药研发中发挥着不可或缺的作用。《计算机辅助药物设计理论及应用》针对学生在计算机辅助药物设计学习过程中可能遇到的各种问题，介绍了数据库、定量构效关系、药效团、分子对接、虚拟筛选、同源模建、分子动力学模拟、自由能计算理论以及药物设计过程中常用软件和数值计算方法。《计算机辅助药物设计理论及应用》覆盖全面，简单实用，加入了大量应用实例，穿插操作方法和技巧；每个章节自成体系，从易到难，层次分明。
目录:
目录
第一章绪论（1）
第一节新药开发的基本途径和方法（1）
第二节计算机辅助药物设计的常用研究方法（10）
第三节计算机辅助药物设计的常用软件（14）
第四节近年来CADD在药物设计中的应用实例（19）
参考文献（21）
第二章计算机辅助药物设计的相关基础（23）
第一节计算机辅助药物设计的生命科学基础（23）
第二节计算机辅助药物设计的药学基础（40）
第三节计算机辅助药物设计的Linux基础（48）
参考文献（62）
第三章常用数据库和基础软件的使用（64）
第一节药物设计常用数据库（64）
第二节药物和靶点的三维结构显示及绘制软件（79）
第三节 EndNote文献管理（85）
参考文献（91）
第四章基于配体的药物分子设计（92）
第一节定量构效关系（QSAR）（92）
第二节药效团模型（119）
参考文献（125）
第五章基于受体的药物分子设计（129）
第一节分子对接的原理和分类（129）
第二节分子对接的搜索算法（130）
第三节分子对接的打分函数（134）
第四节分子对接的操作流程（138）
第五节分子对接实例（144）
第六节虚拟筛选实例（147）
参考文献（153）
第六章蛋白质结构预测及全新药物设计（158）
第一节同源建模（158）
第二节同源模建实例（171）
第三节蛋白质结合位点预测（178）
第四节全新药物设计方法（182）
参考文献（186）
第七章分子动力学模拟（190）
第一节分子动力学模拟的原理（190）
第二节恒温恒压分子动力学模拟与溶剂模型（196）
第三节分子动力学模拟的主要步骤（201）
第四节分子动力学模拟应用实例（210）
参考文献（231）
第八章结合自由能的计算（234）
第一节生物大分子体系结合自由能研究的背景及意义（234）
第二节结合自由能计算方法（238）
第三节基于MM/PBSA自由能算法的操作实例（241）
第四节自由能计算实例（247）
参考文献（258）
第九章药物靶点的构象分析（260）
第一节药物靶点基础（260）
第二节粗粒化模型（262）
第三节自由能曲面（275）
第四节聚类分析（279）
第五节自由能曲面和聚类分析实例（282）
第六节 ProDy使用（286）
参考文献（291）
第十章药物设计常用的数值分析（295）
第一节相关和回归分析（295）
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