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基因组学概论（第二版）

基因组学概论（第二版）
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作者: [美] 著 , 译
出版社: 科学出版社
2015-12
版次: 2
ISBN: 9787030463456
定价: 138.00
装帧: 精装
开本: 其他
纸张: 胶版纸
页数: 428页
字数: 675千字
正文语种: 简体中文
丛书: 生物信息学数据分析丛书
分类: 自然科学
67人买过
  • 《基因组学概论（第二版）》的内容框架设计独具匠心，作者把基因组比拟为生物学研究的集线器。由此分层次介绍了DNA、蛋白质序列和结构、基因组、蛋白质组、转录组和系统生物学内容，也分别对原核生物、真核生物、人类基因组结构和特性进行了介绍和比较，并将基因组变化和进化联系起来。
    《基因组学概论（第二版）》的布局特别适合教学需要，每章均先指明学习目标，学习内容有章有节，循序渐进，逐步展开，关键字设有标签进行简要说明。《基因组学概论（第二版）》的图表丰富，有助理解，每章结束时提供了参考文献，让有兴趣的读者深究；布置的练习，可帮助读者复习和进一步思考，而网络问题则能引导读者借助于各种网络工具深入学习和研究基因组。 译者序
    第二版前言
    第一版前言
    第二版概述
    第二版新内容
    第1章基因组学概论1
    1.1人类基因组2
    1.2人类基因组的内容4
    1.3编码蛋白质组的基因7
    1.4基因组结构种类11
    1.4.1染色体、细胞器和质粒11
    1.4.2基因12
    1.4.3基因组的动态组成15
    1.5基因组测序计划17
    1.6种群内和种群间的差异21
    1.7人类基因组测序21
    1.8人类基因组和医学*22
    1.8.1疾病的预防23
    1.8.2检测和精确诊断24
    1.8.3有效治疗手段的发现和实施24
    1.8.4卫生保健服务24
    1.9数据库的进化和发展25
    1.9.1数据库的进化和发展（evo-devo）26
    1.9.2基因组浏览器27
    1.10蛋白质进化：物种内和物种间序列及结构的分歧32
    1.11伦理、法律和社会问题32
    1.12推荐阅读36
    1.13练习、问题和网络问题37
    第2章基因组是生物学的集线器（Hub）41
    2.1个体、群体、生物圈：过去、现在和未来42
    2.2中心法则和周边规则43
    2.3表达模式43
    2.3.1基因表达的调控44
    2.3.2蛋白质组学49
    2.3.3基因组学和发育生物学49
    2.3.4基因和思维：神经基因组学51
    2.4群体54
    2.4.1单核苷酸多态性和单体型54
    2.4.2临床上重要的单体型：主要组织相容性复合物*58
    2.4.3突变和疾病59
    2.5遗传性疾病的诱因及其治疗的病例*61
    2.5.1血红蛋白病是由异常血红蛋白引发的分子疾病61
    2.5.2苯丙酮尿症62
    2.5.3阿尔茨海默病64
    2.5.4SNP和癌症64
    2.6物种68
    2.7生物圈69
    2.7.1物种灭绝70
    2.7.2袋狼的灭绝72
    2.7.3麋鹿的幸存72
    2.8推荐阅读74
    2.9练习、问题和网络问题75
    第3章图谱、测序、注释和数据库82
    3.1经典遗传学背景83
    3.2图谱和旅行指南84
    3.2.1遗传图谱85
    3.2.2连锁86
    3.2.3连锁不平衡87
    3.2.4染色体带型图89
    3.2.5直接基于DNA序列的高分辨率图谱92
    3.2.6限制性酶切图谱93
    3.3DNA结构的发现94
    3.4DNA测序98
    3.4.1FrederickSanger和DNA测序的发展98
    3.4.2Maxam-Gilbert化学裂解法103
    3.4.3DNA自动化测序103
    3.5组织大规模测序计划105
    3.5.1产生克隆：分层或“BACtoBAC”基因组测序105
    3.5.2全基因组鸟枪法测序106
    3.5.3高通量测序107
    3.5.4生命科学技术的快速发展（lifeinthefastlane）111
    3.6分子生物学数据库112
    3.6.1核酸序列数据库113
    3.6.2蛋白质序列数据库114
    3.6.3遗传性疾病数据库：OMIM和OMIA*114
    3.6.4结构数据库114
    3.6.5蛋白质结构的分类115
    3.6.6专业或精品（boutique）数据库115
    3.6.7表达和蛋白质组学数据库115
    3.6.8代谢路径数据库117
    3.6.9文献数据库118
    3.6.10分子生物学数据库和服务器概观118
    3.7推荐阅读118
    3.8练习、问题、网络问题119
    第4章比较基因组学124
    4.1引言125
    4.2生命的一致性和多样性125
    4.3基因组的大小和结构131
    4.4病毒基因组134
    4.4.1重组病毒136
    4.4.2流感：过去和当前的威胁*136
    4.5原核生物的基因组结构140
    4.5.1复制和转录142
    4.5.2基因转移142
    4.6真核生物基因组结构142
    4.7如何区别基因组144
    4.7.1单核苷酸水平的多样性144
    4.7.2复制145
    4.7.3染色体水平上的比较：共线性154
    4.8是什么让我们成为人类？154
    4.8.1比较基因组学154
    4.8.2结合的方法：FOXP2基因156
    4.9黑猩猩和人类基因组156
    4.10小鼠和大鼠基因组157
    4.11研究人类疾病的模式生物*158
    4.11.1秀丽隐杆线虫基因组158
    4.11.2黑腹果蝇基因组159
    4.11.3人类、线虫和果蝇的同源基因160
    4.12DNA元件百科全书计划163
    4.13推荐阅读166
    4.14练习、问题和网络问题167
    第5章进化和基因组变化172
    5.1进化是探索173
    5.2生物系统学175
    5.2.1生物学命名175
    5.2.2生物学相似性和差异性的测定176
    5.3同源性和家族178
    5.4模式匹配——生物信息学的基本工具178
    5.4.1序列比对179
    5.4.2最佳比对的定义183
    5.4.3快速扫描数据库的近似方法185
    5.4.4三维结构的匹配模式188
    5.5蛋白质序列、结构及功能的进化190
    5.5.1单个点突变的影响191
    5.5.2蛋白质结构和功能的进化192
    5.6系统发育193
    5.6.1系统进化树196
    5.6.2聚类法197
    5.6.3分支法198
    5.6.4进化率变化的问题199
    5.6.5贝叶斯法200
    5.7快速进化：遗传工程200
    5.8推荐阅读201
    5.9练习、问题及网络问题202
    第6章原核生物基因组205
    6.1原核生物进化与系统发育的关系206
    6.1.1原核生物的主要类型207
    6.1.2是否了解生命系统发生树的根源？209
    6.2古细菌210
    6.2.1甲烷球菌基因组211
    6.2.2极端温度下的生命212
    6.2.3超嗜热古菌比较基因组学：热球菌和火球菌216
    6.3细菌219
    6.3.1致病菌基因组*220
    6.3.2基因组学和疫苗的研发*222
    6.4宏基因组学：同一个环境样品中收集的全部基因组223
    6.5推荐阅读227
    6.6练习、问题和网络问题228
    第7章真核生物基因组230
    7.1真核生物的起源和进化231
    7.2真核生物的进化及其系统发育关系231
    7.2.1酵母基因组232
    7.2.2植物的进化233
    7.2.3玻璃海鞘基因组236
    7.2.4河豚基因组238
    7.2.5鸡基因组240
    7.2.6鸭嘴兽基因组241
    7.2.7狗基因组243
    7.3古测序（Palaeosequencing）-古DNA246
    7.4灭绝鸟类的DNA247
    7.4.1新西兰恐鸟247
    7.4.2渡渡鸟和愚鸠250
    7.5猛犸象DNA高通量测序250
    7.5.1猛犸象核基因组251
    7.5.2大象系统发育251
    7.6推荐阅读252
    7.7练习、问题和网络问题253
    第8章基因组学和人类生物学255
    8.1个性化鉴定基因组学256
    8.1.1线粒体DNA258
    8.1.2性别鉴定258
    8.1.3体型特征259
    8.2作物驯化259
    8.2.1玉米261
    8.2.2水稻264
    8.2.3可可264
    8.2.4可可基因组267
    8.3人类基因组学269
    8.3.1尼安德特人基因组269
    8.3.2古代人类群体及其迁徙270
    8.4基因组学和语言278
    8.5推荐阅读279
    8.6练习、问题和网络问题281
    第9章芯片和转录组学283
    9.1简介284
    9.2芯片数据分析286
    9.3不同生理状态的表达模式290
    9.3.1酿酒酵母的两阶段生长转变290
    9.3.2大鼠和果蝇的休眠294
    9.4发育表达模式的变化296
    9.4.1黑腹果蝇生命周期表达模式的变化296
    9.4.2玫瑰花的形成298
    9.5学习和记忆的表达模式：长时程增强302
    9.6表达模式的进化307
    9.7芯片在医学上的应用*309
    9.7.1抗生素耐药性细菌的发展309
    9.7.2儿童白血病313
    9.8全转录组鸟枪法测序：RNA测序315
    9.9推荐阅读316
    9.10练习、问题和网络问题317
    第10章蛋白质组学319
    10.1引言320
    10.2蛋白质的性质和类型320
    10.3蛋白质结构321
    10.3.1蛋白质化学结构321
    10.3.2多肽链的构象323
    10.3.3蛋白质折叠模式325
    10.4翻译后修饰327
    10.5蛋白质分离和分析329
    10.5.1聚丙烯酰胺凝胶电泳330
    10.5.2二维聚丙烯酰胺凝胶电泳330
    10.5.3质谱331
    10.6蛋白质结构的分类334
    10.6.1蛋白质结构分类数据库335
    10.6.2蛋白质进化过程中折叠模式的变化336
    10.7许多蛋白质将构象改变作为它们功能机制的一部分337
    10.7.1酶催化过程中的构象变化338
    10.7.2马达蛋白340
    10.7.3蛋白质功能的变构调节343
    10.7.4丝氨酸蛋白酶抑制剂的构象状态346
    10.8蛋白质结构预测和建模347
    10.8.1同源建模348
    10.8.2蛋白质结构预测的有效方案352
    10.8.3结构基因组学353
    10.9定向进化和蛋白质设计353
    10.9.1枯草杆菌蛋白酶E的定向进化354
    10.9.2酶的设计355
    10.10蛋白质复合物和聚合体355
    10.10.1蛋白质聚集疾病*356
    10.10.2蛋白质-蛋白质复合物的特性358
    10.10.3多亚基蛋白360
    10.11推荐阅读361
    10.12练习、问题和网络问题362
    第11章　系统生物学366
    11.1系统生物学介绍367
    11.1.1两个平行的网络：物理和逻辑367
    11.1.2网络的静力学和动力学368
    11.2网络图369
    11.3系统生物学的思想来源372
    11.3.1序列的复杂性372
    11.3.2香农熵的定义373
    11.3.3序列的随机性374
    11.3.4静态和动态的复杂性375
    11.3.5计算机的复杂性376
    11.4代谢组学377
    11.4.1蛋白质功能的分类和分配377
    11.4.2代谢网络381
    11.4.3代谢途径数据库382
    11.4.4大肠杆菌内甲硫氨酸的合成382
    11.4.5京都基因与基因组百科全书384
    11.4.6代谢路径的进化和系统发生385
    11.4.7古细菌的碳水化合物代谢387
    11.4.8代谢网络的重建389
    11.5调控网络389
    11.5.1信号转导和转录调控390
    11.5.2调控网络的结构391
    11.6动
  • 内容简介:
    《基因组学概论（第二版）》的内容框架设计独具匠心，作者把基因组比拟为生物学研究的集线器。由此分层次介绍了DNA、蛋白质序列和结构、基因组、蛋白质组、转录组和系统生物学内容，也分别对原核生物、真核生物、人类基因组结构和特性进行了介绍和比较，并将基因组变化和进化联系起来。
    《基因组学概论（第二版）》的布局特别适合教学需要，每章均先指明学习目标，学习内容有章有节，循序渐进，逐步展开，关键字设有标签进行简要说明。《基因组学概论（第二版）》的图表丰富，有助理解，每章结束时提供了参考文献，让有兴趣的读者深究；布置的练习，可帮助读者复习和进一步思考，而网络问题则能引导读者借助于各种网络工具深入学习和研究基因组。
  • 目录:
    译者序
    第二版前言
    第一版前言
    第二版概述
    第二版新内容
    第1章基因组学概论1
    1.1人类基因组2
    1.2人类基因组的内容4
    1.3编码蛋白质组的基因7
    1.4基因组结构种类11
    1.4.1染色体、细胞器和质粒11
    1.4.2基因12
    1.4.3基因组的动态组成15
    1.5基因组测序计划17
    1.6种群内和种群间的差异21
    1.7人类基因组测序21
    1.8人类基因组和医学*22
    1.8.1疾病的预防23
    1.8.2检测和精确诊断24
    1.8.3有效治疗手段的发现和实施24
    1.8.4卫生保健服务24
    1.9数据库的进化和发展25
    1.9.1数据库的进化和发展（evo-devo）26
    1.9.2基因组浏览器27
    1.10蛋白质进化：物种内和物种间序列及结构的分歧32
    1.11伦理、法律和社会问题32
    1.12推荐阅读36
    1.13练习、问题和网络问题37
    第2章基因组是生物学的集线器（Hub）41
    2.1个体、群体、生物圈：过去、现在和未来42
    2.2中心法则和周边规则43
    2.3表达模式43
    2.3.1基因表达的调控44
    2.3.2蛋白质组学49
    2.3.3基因组学和发育生物学49
    2.3.4基因和思维：神经基因组学51
    2.4群体54
    2.4.1单核苷酸多态性和单体型54
    2.4.2临床上重要的单体型：主要组织相容性复合物*58
    2.4.3突变和疾病59
    2.5遗传性疾病的诱因及其治疗的病例*61
    2.5.1血红蛋白病是由异常血红蛋白引发的分子疾病61
    2.5.2苯丙酮尿症62
    2.5.3阿尔茨海默病64
    2.5.4SNP和癌症64
    2.6物种68
    2.7生物圈69
    2.7.1物种灭绝70
    2.7.2袋狼的灭绝72
    2.7.3麋鹿的幸存72
    2.8推荐阅读74
    2.9练习、问题和网络问题75
    第3章图谱、测序、注释和数据库82
    3.1经典遗传学背景83
    3.2图谱和旅行指南84
    3.2.1遗传图谱85
    3.2.2连锁86
    3.2.3连锁不平衡87
    3.2.4染色体带型图89
    3.2.5直接基于DNA序列的高分辨率图谱92
    3.2.6限制性酶切图谱93
    3.3DNA结构的发现94
    3.4DNA测序98
    3.4.1FrederickSanger和DNA测序的发展98
    3.4.2Maxam-Gilbert化学裂解法103
    3.4.3DNA自动化测序103
    3.5组织大规模测序计划105
    3.5.1产生克隆：分层或“BACtoBAC”基因组测序105
    3.5.2全基因组鸟枪法测序106
    3.5.3高通量测序107
    3.5.4生命科学技术的快速发展（lifeinthefastlane）111
    3.6分子生物学数据库112
    3.6.1核酸序列数据库113
    3.6.2蛋白质序列数据库114
    3.6.3遗传性疾病数据库：OMIM和OMIA*114
    3.6.4结构数据库114
    3.6.5蛋白质结构的分类115
    3.6.6专业或精品（boutique）数据库115
    3.6.7表达和蛋白质组学数据库115
    3.6.8代谢路径数据库117
    3.6.9文献数据库118
    3.6.10分子生物学数据库和服务器概观118
    3.7推荐阅读118
    3.8练习、问题、网络问题119
    第4章比较基因组学124
    4.1引言125
    4.2生命的一致性和多样性125
    4.3基因组的大小和结构131
    4.4病毒基因组134
    4.4.1重组病毒136
    4.4.2流感：过去和当前的威胁*136
    4.5原核生物的基因组结构140
    4.5.1复制和转录142
    4.5.2基因转移142
    4.6真核生物基因组结构142
    4.7如何区别基因组144
    4.7.1单核苷酸水平的多样性144
    4.7.2复制145
    4.7.3染色体水平上的比较：共线性154
    4.8是什么让我们成为人类？154
    4.8.1比较基因组学154
    4.8.2结合的方法：FOXP2基因156
    4.9黑猩猩和人类基因组156
    4.10小鼠和大鼠基因组157
    4.11研究人类疾病的模式生物*158
    4.11.1秀丽隐杆线虫基因组158
    4.11.2黑腹果蝇基因组159
    4.11.3人类、线虫和果蝇的同源基因160
    4.12DNA元件百科全书计划163
    4.13推荐阅读166
    4.14练习、问题和网络问题167
    第5章进化和基因组变化172
    5.1进化是探索173
    5.2生物系统学175
    5.2.1生物学命名175
    5.2.2生物学相似性和差异性的测定176
    5.3同源性和家族178
    5.4模式匹配——生物信息学的基本工具178
    5.4.1序列比对179
    5.4.2最佳比对的定义183
    5.4.3快速扫描数据库的近似方法185
    5.4.4三维结构的匹配模式188
    5.5蛋白质序列、结构及功能的进化190
    5.5.1单个点突变的影响191
    5.5.2蛋白质结构和功能的进化192
    5.6系统发育193
    5.6.1系统进化树196
    5.6.2聚类法197
    5.6.3分支法198
    5.6.4进化率变化的问题199
    5.6.5贝叶斯法200
    5.7快速进化：遗传工程200
    5.8推荐阅读201
    5.9练习、问题及网络问题202
    第6章原核生物基因组205
    6.1原核生物进化与系统发育的关系206
    6.1.1原核生物的主要类型207
    6.1.2是否了解生命系统发生树的根源？209
    6.2古细菌210
    6.2.1甲烷球菌基因组211
    6.2.2极端温度下的生命212
    6.2.3超嗜热古菌比较基因组学：热球菌和火球菌216
    6.3细菌219
    6.3.1致病菌基因组*220
    6.3.2基因组学和疫苗的研发*222
    6.4宏基因组学：同一个环境样品中收集的全部基因组223
    6.5推荐阅读227
    6.6练习、问题和网络问题228
    第7章真核生物基因组230
    7.1真核生物的起源和进化231
    7.2真核生物的进化及其系统发育关系231
    7.2.1酵母基因组232
    7.2.2植物的进化233
    7.2.3玻璃海鞘基因组236
    7.2.4河豚基因组238
    7.2.5鸡基因组240
    7.2.6鸭嘴兽基因组241
    7.2.7狗基因组243
    7.3古测序（Palaeosequencing）-古DNA246
    7.4灭绝鸟类的DNA247
    7.4.1新西兰恐鸟247
    7.4.2渡渡鸟和愚鸠250
    7.5猛犸象DNA高通量测序250
    7.5.1猛犸象核基因组251
    7.5.2大象系统发育251
    7.6推荐阅读252
    7.7练习、问题和网络问题253
    第8章基因组学和人类生物学255
    8.1个性化鉴定基因组学256
    8.1.1线粒体DNA258
    8.1.2性别鉴定258
    8.1.3体型特征259
    8.2作物驯化259
    8.2.1玉米261
    8.2.2水稻264
    8.2.3可可264
    8.2.4可可基因组267
    8.3人类基因组学269
    8.3.1尼安德特人基因组269
    8.3.2古代人类群体及其迁徙270
    8.4基因组学和语言278
    8.5推荐阅读279
    8.6练习、问题和网络问题281
    第9章芯片和转录组学283
    9.1简介284
    9.2芯片数据分析286
    9.3不同生理状态的表达模式290
    9.3.1酿酒酵母的两阶段生长转变290
    9.3.2大鼠和果蝇的休眠294
    9.4发育表达模式的变化296
    9.4.1黑腹果蝇生命周期表达模式的变化296
    9.4.2玫瑰花的形成298
    9.5学习和记忆的表达模式：长时程增强302
    9.6表达模式的进化307
    9.7芯片在医学上的应用*309
    9.7.1抗生素耐药性细菌的发展309
    9.7.2儿童白血病313
    9.8全转录组鸟枪法测序：RNA测序315
    9.9推荐阅读316
    9.10练习、问题和网络问题317
    第10章蛋白质组学319
    10.1引言320
    10.2蛋白质的性质和类型320
    10.3蛋白质结构321
    10.3.1蛋白质化学结构321
    10.3.2多肽链的构象323
    10.3.3蛋白质折叠模式325
    10.4翻译后修饰327
    10.5蛋白质分离和分析329
    10.5.1聚丙烯酰胺凝胶电泳330
    10.5.2二维聚丙烯酰胺凝胶电泳330
    10.5.3质谱331
    10.6蛋白质结构的分类334
    10.6.1蛋白质结构分类数据库335
    10.6.2蛋白质进化过程中折叠模式的变化336
    10.7许多蛋白质将构象改变作为它们功能机制的一部分337
    10.7.1酶催化过程中的构象变化338
    10.7.2马达蛋白340
    10.7.3蛋白质功能的变构调节343
    10.7.4丝氨酸蛋白酶抑制剂的构象状态346
    10.8蛋白质结构预测和建模347
    10.8.1同源建模348
    10.8.2蛋白质结构预测的有效方案352
    10.8.3结构基因组学353
    10.9定向进化和蛋白质设计353
    10.9.1枯草杆菌蛋白酶E的定向进化354
    10.9.2酶的设计355
    10.10蛋白质复合物和聚合体355
    10.10.1蛋白质聚集疾病*356
    10.10.2蛋白质-蛋白质复合物的特性358
    10.10.3多亚基蛋白360
    10.11推荐阅读361
    10.12练习、问题和网络问题362
    第11章　系统生物学366
    11.1系统生物学介绍367
    11.1.1两个平行的网络：物理和逻辑367
    11.1.2网络的静力学和动力学368
    11.2网络图369
    11.3系统生物学的思想来源372
    11.3.1序列的复杂性372
    11.3.2香农熵的定义373
    11.3.3序列的随机性374
    11.3.4静态和动态的复杂性375
    11.3.5计算机的复杂性376
    11.4代谢组学377
    11.4.1蛋白质功能的分类和分配377
    11.4.2代谢网络381
    11.4.3代谢途径数据库382
    11.4.4大肠杆菌内甲硫氨酸的合成382
    11.4.5京都基因与基因组百科全书384
    11.4.6代谢路径的进化和系统发生385
    11.4.7古细菌的碳水化合物代谢387
    11.4.8代谢网络的重建389
    11.5调控网络389
    11.5.1信号转导和转录调控390
    11.5.2调控网络的结构391
    11.6动
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