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蛋白质结构预测实验指南

蛋白质结构预测实验指南

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作者: 岳俊杰著 , 梁龙著 , 冯华著

出版社: 化学工业出版社

出版时间: 2010-04

版次: 1

ISBN: 9787122077554

定价: 38.00

装帧: 平装

开本: 16开

纸张: 胶版纸

页数: 127页

字数: 188千字

正文语种: 简体中文

丛书: 生物实验室系列

分类: 自然科学

1 张插图图片

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　　《蛋白质结构预测实验指南》涵盖了蛋白质结构预测的主流手段与方法，包括同源建模、折叠模式识别、分子对接、蛋白质—蛋白质复合物的结构模拟、分子结构模拟等，以蛋白质结构研究的具体操作和经典实例为素材，使得蛋白质结构预测不仅仅停留在理论阶段，让读者能够轻松地掌握蛋白质结构预测的应用技术。蛋白质结构预测是一种不依赖晶体培养、迅速、简便的获得蛋白质结构的方法，对于分子生物学、蛋白质工程、药物设计等领域研究工作具有重要的意义。
　　《蛋白质结构预测实验指南》可供从事蛋白质科学研究的研究生、高年级本科生及其他研究人员参考阅读。第一章蛋白质结构概述1
第一节蛋白质的结构层次1
一、一级结构1
二、二级结构1
三、三级结构（折叠模式）2
四、四级结构2
第二节蛋白质结构的测定方法2
一、X射线晶体学2
二、核磁共振4
三、结构分析的其他方法4
第三节蛋白质结构预测的意义5

第二章蛋白质二级结构预测7
第一节蛋白质二级结构预测概述7
第二节蛋白质二级结构预测实例8

第三章利用同源模建法预测蛋白质结构10
第一节同源模建的基本原理及基础10
第二节同源模建预测蛋白质结构的基本步骤11
一、参考蛋白搜索11
二、确定结构保守区11
三、蛋白主链的模建11
四、侧链安装12
五、优化处理12
六、合理性检测12
第三节利用SWISS-MODEL服务器进行蛋白质结构同源模建操作实例12
一、登录服务器，输入目标序列12
二、模建结果与分析13
第四节利用DiscoveryStudio结构模拟系统进行同源模建操作实例15
一、识别模板，比对模板16
二、将模板进行比对19
三、将目标序列与模板比对23
四、使用MODELER构建目标序列的3D模型25
五、模型评估26

第四章利用折叠模式识别法预测蛋白质结构32
第一节折叠模式识别法的基本原理32
第二节折叠模式识别法预测蛋白质结构的操作实例33
一、程序的安装33
二、Threader程序的运行33
三、结果分析34
四、过滤假阳性结果36

第五章蛋白质分子对接技术37
第一节蛋白质分子对接概述37
第二节利用LibDock进行分子对接的基本操作方法及实例37
一、准备分子对接体系，执行分子对接计算38
二、分析对接结果43
第三节利用FlexibleDocking进行受体和配体柔性的分子对接实例46
一、准备对接的分子体系，完成分子对接计算46
二、分析配体对接结果49
第四节利用AutoDock程序进行分子对接的操作及研究实例50
一、AutoDock的安装50
二、AutoDock的基本应用52
三、实例分析68

第六章蛋白质-蛋白质复合物的结构模拟70
第一节蛋白质与蛋白质对接的意义70
第二节利用ZDOCK来研究蛋白质-蛋白质的对接70
一、设定一次ZDOCK计算71
二、分析ZDOCK结果72
三、利用RDOCK优化对接构型75
四、使用RMSD分析结合界面的氨基酸76
第三节利用Hex研究大分子与大分子之间的相互作用78
一、Hex的安装79
二、Hex的基本应用79
三、对接实例84

第七章蛋白质结构的分子动力学模拟85
第一节蛋白质分子动力学模拟概述85
第二节DiscoveryStudio平台中分子动力学操作实例86
一、准备分子动力学体系，执行分子动力学计算86
二、分析分子动力学计算结果90
第三节利用NAMD进行分子动力学计算的操作及研究实例95
一、NAMD简介95
二、NAMD程序的安装与使用95
三、构建模型97
四、分子动力学模拟102
五、可视化与数据处理108
第四节利用GROMACS进行分子动力学模拟操作113
一、GROMACS介绍113
二、GROMACS的下载及安装113
三、GROMACS的基本操作114
本书主要参考文献123
附录部分蛋白质结构预测相关的网上资源124
内容简介:
　　《蛋白质结构预测实验指南》涵盖了蛋白质结构预测的主流手段与方法，包括同源建模、折叠模式识别、分子对接、蛋白质—蛋白质复合物的结构模拟、分子结构模拟等，以蛋白质结构研究的具体操作和经典实例为素材，使得蛋白质结构预测不仅仅停留在理论阶段，让读者能够轻松地掌握蛋白质结构预测的应用技术。蛋白质结构预测是一种不依赖晶体培养、迅速、简便的获得蛋白质结构的方法，对于分子生物学、蛋白质工程、药物设计等领域研究工作具有重要的意义。
　　《蛋白质结构预测实验指南》可供从事蛋白质科学研究的研究生、高年级本科生及其他研究人员参考阅读。
目录:
第一章蛋白质结构概述1
第一节蛋白质的结构层次1
一、一级结构1
二、二级结构1
三、三级结构（折叠模式）2
四、四级结构2
第二节蛋白质结构的测定方法2
一、X射线晶体学2
二、核磁共振4
三、结构分析的其他方法4
第三节蛋白质结构预测的意义5

第二章蛋白质二级结构预测7
第一节蛋白质二级结构预测概述7
第二节蛋白质二级结构预测实例8

第三章利用同源模建法预测蛋白质结构10
第一节同源模建的基本原理及基础10
第二节同源模建预测蛋白质结构的基本步骤11
一、参考蛋白搜索11
二、确定结构保守区11
三、蛋白主链的模建11
四、侧链安装12
五、优化处理12
六、合理性检测12
第三节利用SWISS-MODEL服务器进行蛋白质结构同源模建操作实例12
一、登录服务器，输入目标序列12
二、模建结果与分析13
第四节利用DiscoveryStudio结构模拟系统进行同源模建操作实例15
一、识别模板，比对模板16
二、将模板进行比对19
三、将目标序列与模板比对23
四、使用MODELER构建目标序列的3D模型25
五、模型评估26

第四章利用折叠模式识别法预测蛋白质结构32
第一节折叠模式识别法的基本原理32
第二节折叠模式识别法预测蛋白质结构的操作实例33
一、程序的安装33
二、Threader程序的运行33
三、结果分析34
四、过滤假阳性结果36

第五章蛋白质分子对接技术37
第一节蛋白质分子对接概述37
第二节利用LibDock进行分子对接的基本操作方法及实例37
一、准备分子对接体系，执行分子对接计算38
二、分析对接结果43
第三节利用FlexibleDocking进行受体和配体柔性的分子对接实例46
一、准备对接的分子体系，完成分子对接计算46
二、分析配体对接结果49
第四节利用AutoDock程序进行分子对接的操作及研究实例50
一、AutoDock的安装50
二、AutoDock的基本应用52
三、实例分析68

第六章蛋白质-蛋白质复合物的结构模拟70
第一节蛋白质与蛋白质对接的意义70
第二节利用ZDOCK来研究蛋白质-蛋白质的对接70
一、设定一次ZDOCK计算71
二、分析ZDOCK结果72
三、利用RDOCK优化对接构型75
四、使用RMSD分析结合界面的氨基酸76
第三节利用Hex研究大分子与大分子之间的相互作用78
一、Hex的安装79
二、Hex的基本应用79
三、对接实例84

第七章蛋白质结构的分子动力学模拟85
第一节蛋白质分子动力学模拟概述85
第二节DiscoveryStudio平台中分子动力学操作实例86
一、准备分子动力学体系，执行分子动力学计算86
二、分析分子动力学计算结果90
第三节利用NAMD进行分子动力学计算的操作及研究实例95
一、NAMD简介95
二、NAMD程序的安装与使用95
三、构建模型97
四、分子动力学模拟102
五、可视化与数据处理108
第四节利用GROMACS进行分子动力学模拟操作113
一、GROMACS介绍113
二、GROMACS的下载及安装113
三、GROMACS的基本操作114
本书主要参考文献123
附录部分蛋白质结构预测相关的网上资源124

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