结构生物信息学(英文版)

结构生物信息学(英文版)
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作者: , , ,
2015-12
版次: 1
ISBN: 9787313139825
定价: 248.00
装帧: 精装
开本: 16开
纸张: 胶版纸
页数: 383页
字数: 762千字
正文语种: 英语
分类: 自然科学
  •   《结构生物信息学(英文版)》重点在于介绍生物大分子的结构特点、结构获得的方法,基于结构的功能研究等的方法及原理。在知识结构方面,能帮助读者掌握必要的生物大分子结构数据获取和分析的基本方法和知识,掌握结构分析的核心算法和基本的数学模型及相关的数学、统计学和分子生物学理论知识,了解*新的结构与功能研究的方法和系统以及它们在生物、医药、能源以及其他工农业各方面的应用。在能力培养方面,能帮助读者运用所学的理论和应用软件,通过数据采集、数据分析选择合适的数学模型、建立结构的分析模型,对实验数据进行从结构到功能的分析,给出具有合理生物意义的分子机理。 1 Introduction to Structural Bioinformatics
    Qin Xu, Hao Dai, Tangzhen Zhao and Dongqing Wei

    Part I Advances in Methods for Structural Bioinformatics
    2 JVM: Java Visual Mapping Tool for Next Generation
    Sequencing Read
    Ye Yang and Juan Liu
    3 Advancement of Polarizable Force Field and Its Use
    for Molecular Modeling and Design
    Peijun Xu, Jinguang Wang, Yong Xu, Huiying Chu, Jiahui Liu,
    Meixia Zhao, Depeng Zhang, Yingchen Mao, Beibei Li,
    Yang Ding and Guohui Li
    4 Systematic Methods for Defining Coarse-Grained Maps
    in Large Biomolecules
    Zhiyong Zhang
    5 Quantum Calculation of Protein NMR Chemical Shifts Based
    on the Automated Fragmentation Method
    Tong Zhu, John Z.H. Zhang and Xiao He
    6 Applications of Rare Event Dynamics on the Free Energy
    Calculations for Membrane Protein Systems
    Yukun Wang, Ruoxu Gu, Huaimeng Fan,
    Jakob Ulmschneider and Dongqing Wei

    Part II 3D-Structure Prediction and Folding Mechanism
    of Biological Macromolecules
    7 Extended Structure of Rat Islet Amyloid Polypeptide
    in Solution
    Lei Wei, Ping Jiang, Malathy Sony Subramanian Manimekalai,
    Cornelia Hunke, Gerhard Grtiber, Konstantin Pervushin
    and Yuguang Mu
    8 Folding Mechanisms of Trefoil Knot Proteins Studied
    by Molecular Dynamics Simulations and Go-model
    Xue Wu, Peijun Xu, Jinguang Wang, Yong Xu, Ting Fu,
    Depeng Zhang, Meixia Zhao, Jiahui Liu, Hujun Shen,
    Zhilong Xiu and Guohui Li
    9 Binding Induced Intrinsically Disordered Protein
    Folding with Molecular Dynamics Simulation
    Haifeng Chen
    10 Theoretical Studies on the Folding Mechanisms for Different
    DNA G-quadruplexes
    Xue Wu, Peijun Xu, Jinguang Wang, Yong Xu, Ting Fu,
    Meixia Zhao, Depeng Zhang, Jiahui Liu, Hu]un Shen,
    Zhilong Xiu and Guohui Li
    11 RNA Folding: Structure Prediction, Folding Kinetics
    and Ion Electrostatics
    Zhijie Tan, Wenbing Zhang, Yazhou Shi and Fenghua Wang

    Part III The Interactions Between Biological Macromolecules
    and Ligands
    12 Binding Modes and Interaction Mechanism Between Different
    Base Pairs and Methylene Blue Trihydrate:
    A Quantum Mechanics Study
    Peijun Xu, Jinguang Wang, Yong Xu, Huiying Chu, Hujun Shen,
    Depeng Zhang, Meixia Zhao, Jiahui Liu and Guohui Li
    13 Drug Inhibition and Proton Conduction Mechanisms
    of the Influenza A M2 Proton Channel
    Ruoxu Gu, Limin Angela Liu and Dongqing Wei
    14 Exploring the Ligand-Protein Networks in Traditional
    Chinese Medicine: Current Databases, Methods and Applications
    Mingzhu Zhao and Dongqing Wei

    Part IV Functional Analysis of Biological Macromolecules
    15 Evolutionary Optimization of Transcription Factor
    Binding Motif Detection
    Zhao Zhang, Ze Wang, Guoqin Mai, Youxi Luo,
    Miaomiao Zhao and Fengfeng Zhou
    16 Prediction of Serine/Threonine Phosphorylation Sites
    in Bacteria Proteins
    Zhengpeng Li, Ping Wu, Yuanyuan Zhao,
    Zexian Liu and Wei Zhao
    17 Bioinformatics Tools for Discovery and Functional Analysis
    of Single Nucleotide Polymorphisms
    Li Li and Dongqing Wei
    18 An Application of QM/MM Simulation: The Second
    Protonation of Cytochrome P450
    Peng Lian and Dongqing Wei

    Part V Application of Structural Bioinformatics in Drug Design
    19 Recent Progress on Structural Bioinformatics Research
    of Cytochrome P450 and Its Impact on Drug Discovery
    Tao Zhang and Dongqing Wei
    20 Human Cytochrome P450 and Personalized Medicine
    Qi Chen and Dongqing Wei
    21 The α7 nAChR Selective Agonists as Drug Candidates
    for Alzheimer's Disease
    Huaimeng Fan, Ruoxu Gu and Dongqing Wei
    22 Bayesian Analysis of Complex Interacting Mutations
    in HIV Drug Resistance and Cross-Resistance
    Ivan Kozyryev and Jing Zhang
  • 内容简介:
      《结构生物信息学(英文版)》重点在于介绍生物大分子的结构特点、结构获得的方法,基于结构的功能研究等的方法及原理。在知识结构方面,能帮助读者掌握必要的生物大分子结构数据获取和分析的基本方法和知识,掌握结构分析的核心算法和基本的数学模型及相关的数学、统计学和分子生物学理论知识,了解*新的结构与功能研究的方法和系统以及它们在生物、医药、能源以及其他工农业各方面的应用。在能力培养方面,能帮助读者运用所学的理论和应用软件,通过数据采集、数据分析选择合适的数学模型、建立结构的分析模型,对实验数据进行从结构到功能的分析,给出具有合理生物意义的分子机理。
  • 目录:
    1 Introduction to Structural Bioinformatics
    Qin Xu, Hao Dai, Tangzhen Zhao and Dongqing Wei

    Part I Advances in Methods for Structural Bioinformatics
    2 JVM: Java Visual Mapping Tool for Next Generation
    Sequencing Read
    Ye Yang and Juan Liu
    3 Advancement of Polarizable Force Field and Its Use
    for Molecular Modeling and Design
    Peijun Xu, Jinguang Wang, Yong Xu, Huiying Chu, Jiahui Liu,
    Meixia Zhao, Depeng Zhang, Yingchen Mao, Beibei Li,
    Yang Ding and Guohui Li
    4 Systematic Methods for Defining Coarse-Grained Maps
    in Large Biomolecules
    Zhiyong Zhang
    5 Quantum Calculation of Protein NMR Chemical Shifts Based
    on the Automated Fragmentation Method
    Tong Zhu, John Z.H. Zhang and Xiao He
    6 Applications of Rare Event Dynamics on the Free Energy
    Calculations for Membrane Protein Systems
    Yukun Wang, Ruoxu Gu, Huaimeng Fan,
    Jakob Ulmschneider and Dongqing Wei

    Part II 3D-Structure Prediction and Folding Mechanism
    of Biological Macromolecules
    7 Extended Structure of Rat Islet Amyloid Polypeptide
    in Solution
    Lei Wei, Ping Jiang, Malathy Sony Subramanian Manimekalai,
    Cornelia Hunke, Gerhard Grtiber, Konstantin Pervushin
    and Yuguang Mu
    8 Folding Mechanisms of Trefoil Knot Proteins Studied
    by Molecular Dynamics Simulations and Go-model
    Xue Wu, Peijun Xu, Jinguang Wang, Yong Xu, Ting Fu,
    Depeng Zhang, Meixia Zhao, Jiahui Liu, Hujun Shen,
    Zhilong Xiu and Guohui Li
    9 Binding Induced Intrinsically Disordered Protein
    Folding with Molecular Dynamics Simulation
    Haifeng Chen
    10 Theoretical Studies on the Folding Mechanisms for Different
    DNA G-quadruplexes
    Xue Wu, Peijun Xu, Jinguang Wang, Yong Xu, Ting Fu,
    Meixia Zhao, Depeng Zhang, Jiahui Liu, Hu]un Shen,
    Zhilong Xiu and Guohui Li
    11 RNA Folding: Structure Prediction, Folding Kinetics
    and Ion Electrostatics
    Zhijie Tan, Wenbing Zhang, Yazhou Shi and Fenghua Wang

    Part III The Interactions Between Biological Macromolecules
    and Ligands
    12 Binding Modes and Interaction Mechanism Between Different
    Base Pairs and Methylene Blue Trihydrate:
    A Quantum Mechanics Study
    Peijun Xu, Jinguang Wang, Yong Xu, Huiying Chu, Hujun Shen,
    Depeng Zhang, Meixia Zhao, Jiahui Liu and Guohui Li
    13 Drug Inhibition and Proton Conduction Mechanisms
    of the Influenza A M2 Proton Channel
    Ruoxu Gu, Limin Angela Liu and Dongqing Wei
    14 Exploring the Ligand-Protein Networks in Traditional
    Chinese Medicine: Current Databases, Methods and Applications
    Mingzhu Zhao and Dongqing Wei

    Part IV Functional Analysis of Biological Macromolecules
    15 Evolutionary Optimization of Transcription Factor
    Binding Motif Detection
    Zhao Zhang, Ze Wang, Guoqin Mai, Youxi Luo,
    Miaomiao Zhao and Fengfeng Zhou
    16 Prediction of Serine/Threonine Phosphorylation Sites
    in Bacteria Proteins
    Zhengpeng Li, Ping Wu, Yuanyuan Zhao,
    Zexian Liu and Wei Zhao
    17 Bioinformatics Tools for Discovery and Functional Analysis
    of Single Nucleotide Polymorphisms
    Li Li and Dongqing Wei
    18 An Application of QM/MM Simulation: The Second
    Protonation of Cytochrome P450
    Peng Lian and Dongqing Wei

    Part V Application of Structural Bioinformatics in Drug Design
    19 Recent Progress on Structural Bioinformatics Research
    of Cytochrome P450 and Its Impact on Drug Discovery
    Tao Zhang and Dongqing Wei
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    21 The α7 nAChR Selective Agonists as Drug Candidates
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